Для наиболее точного диагностирования заболеваний недостаточно самого современного лабораторного оборудования. Точность результатов зависит не только от используемых реактивов и аппаратуры, но и от времени и правильности сбора исследуемого материала. При несоблюдении основных правил подготовки к анализам их результаты могут быть значительно искажены.
В бактериологической лаборатории проводятся исследования для обнаружения в клиническом материале микроорганизмов, являющихся возбудителями гнойно-воспалительных и инфекционных заболеваний, а также определение чувствительности микроорганизмов к антибактериальным и антимикотическим средствам, лечебным фагам.
В качестве клинического (биологического) материала используются: кровь, желчь, моча, грудное молоко, отделяемое верхних и нижних дыхательных путей, отделяемое инфицированных ран, отделяемое глаз, отделяемое ушей, отделяемое половых органов, содержимое пустул, полостей, кал. Выявляется 996 видов микроорганизмов (бактерии, дрожжеподобные грибы, грибы), имеющих диагностическое (медицинское) значение.
Кроме того выполняются отдельные методики: микробиологическое исследование кала на наличие дисбактериоза; бактериологическое исследование кала на наличие патогенных энтеробактерий; микробиологическое исследование отделяемого влагалища на дисбиоз, бактериологическое исследование на наличие Gardnerella vaginalis.